腹瀉艾灸部位一般包括腹部的中脘穴、天樞穴、神闕穴、關元穴、歸來穴，但并非所有穴位需進行艾灸，有時甚至直接將灸盒放在其上進行艾灸即可。一般對于虛寒性腹瀉，如外邪直中脾胃導致腹瀉，或因脾胃本身虛寒存在慢性腹瀉，可進行艾灸。但濕熱瀉一般不進行艾灸，另外會灸背部時一般以脾俞穴和胃俞穴為主。如果長期慢性腹瀉且影響到腎陽時，可灸腎俞和命門穴。同時也可以灸足部穴位，一般選擇足三里穴、三陰交穴、上巨虛穴，多數用艾條灸即可。對于腹部，可選擇隔姜灸、隔鹽灸，對于陽氣虛衰患者，可在背部命門穴和腎俞穴用隔附子灸，也會有良好效果。