沙眼衣原體不是細菌，也不是病毒，是介于細菌和病毒之間的一種病原體。主要是容易侵犯眼睛表面的結膜細胞、角膜細胞，所以沙眼主要的表現是在眼睛表面，形成沙眼濾泡、沙眼乳頭。這種為持續性的損害，在急性期時損害比較嚴重，病人會出現眼睛疼、紅腫、畏光、流眼淚的表現。 如果病變時間長以后，慢慢進入到穩定期、瘢痕期時，由于破壞眼睛表面的正常組織結構，會在眼睛表面形成瘢痕，產生后遺癥。比如出現沙眼的角膜血管翳，會明顯的影響或損害視力，或者是出現沙眼引起的淚囊炎，也會長期的流膿、流眼淚，情況比較嚴重。