雌激素水平低會導致月經不調，雌激素水平低一定程度上提示卵巢功能低下或卵巢功能出現早衰，亦會引起月經出現紊亂、月經不調。雌激素低主要是由于卵巢的儲備卵泡耗竭，使卵巢沒有周期性的激素分泌變化，導致雌激素和孕激素水平偏低。低水平的雌、孕激素會使子宮萎縮、外陰萎縮，出現月經周期變化，因此雌激素水平低會導致月經不調。女性由于卵巢功能低下而導致雌激素水平下降，穩定維系生殖系統的功能會出現退化，出現盆腔內生殖器官及附近的泌尿系統和直腸出現下移。女性腹部亦可出現松弛、膨脹，嚴重時會導致盆底功能障礙、子宮脫垂等現象。此階段由于雌激素水平下降會使子宮內膜出現萎縮，而出現閉經等情況。因此女性的月經周期受內分泌環境影響，亦與雌、孕激素的周期性變化密切相關。