根據國家2011年出生缺陷防治報告，報告小耳畸形發病率為2.79/10000，各個國家統計數據均不同，但均為1/10000-5/10000。小耳畸形并非常見先天畸形，但在出生缺陷順位有連年提高趨勢，主要因為在出生之前排畸水平越來越高，所以先天心臟、唇腭畸形等可以篩查出并進行干預。小耳畸形因為是軟組織畸形，在出生之前不能通過B超篩查出，所以表現出小耳畸形發病率越來越高。部分家長在孩子出生前做四維B超，未發現耳朵異常，但出生后卻發現耳廓畸形，是由于B超技術限制，不能較好看出畸形。