顱咽管瘤本身是一個先天性腫瘤，是良性的，但是它存在一定的復發幾率。有報道稱第1次手術之后，如果進行了完全切除，有5%左右的復發率；進行了次全切除，可能有30%左右的復發率；如果只是部分切除，可能有一半以上的復發率。顱咽管瘤術后復發的復發率可能和顱咽管瘤的部位、生長的方式有關，因為它附近有很多重要結構，包括附近的垂體柄、垂體、頸內動脈、海綿竇，包括下丘腦，這些結構的功能非常關鍵，一旦受到損傷，對于患者可能是災難性的。所以在進行顱咽管瘤切除的時候，尤其有些顱咽管瘤有鈣化，當它與周圍的結構粘連比較嚴重的時候，就不能夠進行強行切除，它可能會帶來非常嚴重的后果。這個時候有一部分的殘留，就有可能引起顱咽管瘤的復發。如果一旦發現顱咽管瘤復發，還要對它進行再次手術切除。