胃鏡下病理組織化驗幽門螺桿菌的準確性要更高，因為它已經精確到組織學，在醫學上屬于金標準。呼氣試驗不管是碳13還是碳14，相比較于胃鏡的幽門螺桿菌檢測而言，都是間接指標，而且有很多因素會影響到它。 最多見的是近4周，尤其是2周以內口服過抗生素、質子泵抑制劑、H2受體拮抗劑，最常見的藥物比如阿司匹林、克拉霉素、左氧氟沙星、甲硝唑、替硝唑等，質子泵抑制劑有奧美拉唑、泮托拉唑等拉唑類的藥，還有法莫替丁、雷尼替丁等替丁類的藥物，包括枸櫞酸鉍鉀、果膠鉍都會影響到碳13或者碳14呼氣試驗的準確性。