引起骨髓造血障礙的原因較多，其中包括原發性因素與繼發性因素。繼發性骨髓造血障礙，通常是由于病毒感染，抑制骨髓造血所致。還包括物理因素，如射線、核輻射，以及部分化學因素，如房屋裝修過程中存在的有害物質，均會影響造血功能。還包括腫瘤或白血病侵犯骨髓等病因，進而影響骨髓的造血。 原發性骨髓造血障礙難以明確病因，部分可能與遺傳有關，或免疫功能的異常也可影響造血干細胞的功能。造血干細胞受到損傷后，可造成骨髓造血不良。