患者出現小便發黃、刺痛，可能由于泌尿系感染導致，女性由于尿道外口毗鄰陰道及肛門，如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌易趁虛而入，進入尿道引起感染。男性可能由于包皮過長及某些性傳播疾病導致，如淋病、非淋菌性尿道炎。致病微生物進入尿道可引發黏膜充血、水腫，尿道緊鄰膀胱，感染可進入膀胱，造成黏膜上皮充血、水腫，感覺神經外露，而且影響膀胱內容量感受器，導致患者小便時容易出現刺痛。此外，帶細菌的尿液經過尿道時，易刺激已經發炎、水腫的尿道黏膜，使患者產生刺痛感。整個尿路黏膜上皮處于充血、水腫狀態，細胞上皮加細菌，還有代謝廢物混于一起，易導致小便時刺痛伴小便發黃。