陰莖尿道口疼痛的常見原因如下：1、局部炎癥：炎癥刺激黏膜后，造成黏膜水腫、充血，會引起尿道口的疼痛；2、神經痛：如果輸尿管結石、末端結石，會引起放射性疼痛，放射到陰莖尿道口部位；3、前列腺炎癥：也可以引起尿道口的疼痛；4、腰椎問題：腰椎間盤突出壓迫神經，造成骶神經受壓，尿道口有時也會出現疼痛。因此尿道口疼痛的原因比較多，患者需要檢查尿道口有無紅腫、分泌物、明顯炎癥，如果存在該癥狀應盡快保持局部清潔、干燥，以及使用消炎藥物。如果不存在該癥狀，患者應檢查尿道有無其他病變，包括結石、前列腺炎癥，也要進行B超檢查，明確腎臟有無積水。如果無法找到原因，需要檢查腰骶部神經，判斷是否神經受壓所造成。