陰莖尿道口紅腫、小便疼痛，常見于以下幾種原因：1、包皮過長：是否最近性生活過多導致尿道口紅腫、小便疼痛，如果沒有，則通常與包皮過長有關。包皮如果不能夠正常下翻，在包皮和龜頭之間容易產生包皮垢，含有較多細菌，容易造成龜頭慢性炎癥，龜頭皮膚緊鄰尿道外口，時間久容易造成尿道口紅腫，進而造成尿道炎。出現上述情況一方面需要治療包皮龜頭炎，另一方面需要做尿常規檢測，如果尿常規檢測中發現大量白細胞，建議使用喹諾酮類抗生素進行治療；2、淋球菌感染：小便口紅腫、小便疼痛，如果伴有大量黃白色膿液，要考慮是否有淋球菌感染所致的淋病。淋病屬于性病，做快速病原體鑒定后可以明確是否為淋球菌感染。如果是淋球菌感染，下一步建議使用大劑量頭孢菌素，口服或者靜脈輸注藥物進行治療；3、非淋尿道炎：是支原體、衣原體等特殊病原體感染所致，特征性表現為瘙癢，尿道外口分泌物稀薄，但量較多。一旦明確是特殊病原體感染，建議使用大環內酯類抗生素，比如紅霉素等進行治療。