法洛四聯癥的術后并發癥多由于術后恢復不佳導致，與患兒個體病情程度有關。術后患兒可出現瓣膜返流量較大，短期內可影響心功能；由于術中需體外循環麻醉，因此可出現抽搐、腦出血等腦部并發癥，若癥狀較輕，經治療后可得到治愈。隨著手術水平的不斷提高，一般情況下，若患兒符合法洛四聯手術適應證，進行分期治療，術中術者操作正常，則一般無并發癥。