法洛四聯癥最嚴重的并發癥為缺血、缺氧，主要表現為呼吸困難和缺氧性發作。常見的并發癥包括患兒在成長過程中缺氧癥狀加重、突然出現意識喪失、蹲踞現象、杵狀指，還會導致小兒發育遲緩。部分兒童大腦長期缺氧，引起腦膿腫，甚至抽搐。 此外，因為法洛四聯癥患者的室間隔缺損與主動脈之間存在騎跨，手術之后會導致房室傳導阻滯。即心臟本來可以跳100次/分，術后只能跳40次/分，甚至20次/分。手術后醫生會對患兒進行一系列治療，如果不能恢復，則患兒需要安裝永久起搏器。法洛四聯癥的患兒出現三尖瓣功能異常時，還會導致右心衰竭。 總之，法洛四聯癥手術的成功率高，在95%以上，其并發癥雖然嚴重，但發生率不超過1%。