血管內再通治療雖是微創手術，但也存在一定的風險，主要與患者的年齡、血管質量及腦血管側支循環代償的情況有關。如側支循環代償較差，血管內再通治療的風險較大，因此需要通過血管造影來充分評估患者的側支循環的情況，從而判斷其是否能從治療中獲益。此外，在取栓或再通過程中，可導致病變的血管出現內膜損傷，從而形成血栓，使血管再次閉塞；部分患者病變的血管存在狹窄或內皮損傷，在多次取栓血管再通后可能再次閉塞或狹窄，風險較大。