扁桃體發炎一般是金黃色葡萄球菌感染的幾率要高一些，對于這種細菌，一般頭孢類的制劑效果較好。目前是以二代頭孢，如頭孢克洛或三代頭孢，如頭孢克肟這類藥物為一線用藥。另外，青霉素類的藥物對金黃色葡萄球菌效果也比較好，也可以服用青霉素類的口服制劑，如克拉維酸、阿莫西林等青霉素類藥物。所以基本上是根據金黃色葡萄球菌的感染菌種，以青霉素類和頭孢類抗生素為一線用藥，來治療扁桃體炎。