輸尿管結石的治療費用與所選治療方法有關。藥物排石費用很低，但大多數輸尿管結石不能通過藥物排出體外；體外沖擊波碎石是最常用的排石方法，在大城市的三甲醫院，普通的碎石只需1200元；輸尿管鏡手術和經皮腎鏡手術費用較高，由于手術過程所需耗材費用昂貴，所用費用約1-5萬元。此外，費用與手術和結石復雜程度有關，如果手術后出現感染性的并發癥，如尿膿毒性休克等疾病，治療費用將大大增加，可達到10-20萬元，甚至更多。