外耳道的疾病、外耳道腫物可以使用耳內鏡手術，中耳的慢性化膿性中耳炎等病變局限于中鼓室內的疾病和耳硬化癥等一些內耳的疾病都可以通過耳內鏡手術來治療。對于聽神經瘤等側顱底的疾病，有經驗的醫生也可以通過耳內鏡手術來完成。耳內鏡手術也可以用來治療顳頜關節的病變，對于頸靜脈球高位和骨質缺損導致的搏動性耳鳴，也適合耳內鏡手術，并且創傷小，術后恢復快。