在內鏡下可以做很多治療，胃腸道的內窺鏡分為胃鏡、結腸鏡和小腸鏡，治療根據消化道不同的病變而不同，最常用來治療的疾病就是胃腸道息肉性的病變，病變發生率相對較高。在內鏡下，可以采用氬氣凝固的辦法或者黏膜切除的辦法，來進行針對息肉的治療。現在進展比較多的是對于消化管腔早癌的一些治療，比如食管的早癌、胃的早癌、腸的早癌，都可以通過內鏡進行根治，達到根治的目的。同時可以給病人帶來最小的創傷，這種治療無論是對病人身體的影響，還是對病人帶來的經濟壓力，都是最優的選擇。內鏡還有在膽道系統的一些治療，比如膽總管末端的結石，可以通過內窺鏡的治療，取石來解決膽道結石堵塞造成膽管炎問題。現在由于內鏡技術的進步，很多一些其他疾病，可能有些病人不是太了解，大多數的病人可能需要做的治療主要是以上幾個方面。