陰莖勃起后龜頭疼痛的原因如下： 1、陰莖發育不良導致勃起疼痛：建議到正規醫院進行檢測是否存在包皮過長、包莖等問題，若存在，可采用器官修復或康復等治療方法； 2、炎癥感染引起陰莖勃起后龜頭疼痛：如尿道炎、龜頭炎、前列腺炎、精囊炎等，治愈炎癥即可； 3、一過性的疼痛，進行局部處理即可，如有明確病因，去除病因，疼痛即可消失。