龜頭疼的原因包括以下幾方面：1、包皮龜頭炎：是較為常見的原因，除龜頭疼痛以外，還可能出現包皮、龜頭紅腫，有時伴有膿性滲出，甚至包皮、龜頭糜爛；2、前列腺炎：前列腺炎導致的疼痛，通常在三角褲能夠覆蓋的區域都可能發生，但是并非單純出現龜頭疼痛的癥狀，可能伴有尿頻、尿急、尿不盡，以及腰骶部、會陰部、陰囊疼痛，通常伴有其它癥狀；3、其它疾病：例如特殊感染、腫瘤或者占位病變，由于壓迫、刺激，可能導致龜頭疼痛。如果有明顯的占位變化，伴有龜頭疼痛，需要至醫院就診；4、生理性疲勞：如果沒有上述其它表現，單純地偶爾發生龜頭輕微的刺痛或者抽痛，可能是生理性疲勞的表現，例如近期壓力較大、勞累、久坐、食用刺激性食物過多，有候可能導致龜頭刺痛。這種情況通常調整生活以后，大多可以恢復，無需過分擔心。