腦干出血的后遺癥與出血量、出血部位密切相關，常見的后遺癥有偏癱、失語、感覺障礙、行走不穩、癡呆，甚至導致植物人。患者出血量小且出血部位不關鍵，后遺癥較少，對功能影響較小；患者出血量大且出血部位較關鍵，即便能恢復意識，后遺癥也較多。臨床上，對于海綿狀血管瘤導致的腦干出血，手術切除血管瘤即可，預后良好；由于高血壓所致者，應積極控制血壓，減少出血。