小兒生殖細胞瘤與惡性腫瘤的治療方法相同，包括手術、放療、化療。其分為生殖細胞瘤和非生殖性生殖細胞腫瘤兩類。通過手術治療可明確病理診斷，若為非生殖性生殖細胞腫瘤（胚胎癌、畸胎瘤、絨癌，卵黃囊瘤）對放療不敏感，需盡可能將腫瘤切除，減少殘留，后續進行放療、化療，效果較好。另外，還有放射治療，顧名思義即為放射線治療，目前主要是用直線加速器及質子放療，生殖細胞瘤對直線加速器放療較為敏感，效果較好，患者十年生存率可以達90%以上；質子放療為我國新型的放射線治療設備，其治療效果、副作用均優于直線加速器放療。