膽腸吻合術后常見并發癥有出血、膽瘺、吻合位置再次梗阻等。遠期可出現膽道內結石復發，出現逆行感染而形成膽道感染，患者反復發燒，甚至膽管炎、黃疸等。腸管手術可出現不全性腸梗阻或完全性腸梗阻，內疝等表現。還可出現消化功能改變，如食用較油膩食物后出現脂肪瀉，大便次數增加，腹部不適，甚至有不確定的腹痛等表現。