由于磁共振在強磁場環境下檢查，因此大部分患者不宜做磁共振檢查。如安裝有心臟起搏器患者、體內有鐵磁性物質患者、神經刺激器患者、妊娠不足3個月的患者。植入性醫療器械說明書嚴格規定了植入此類材料患者是否可進行磁共振檢查，是否符合磁共振檢查對場強的要求，如鈦合金材料可在1.5T及以下場強的磁共振進行掃描。女性月經期可做磁共振檢查，但做盆腔掃描，則應該避開月經期，以免月經期身體器官發生生理變化，導致診斷不準確。