腦室外引流在手術或滯留管的過程中，可能會增加顱內感染的風險。腦室腹腔分流術可能會存在引流過度的情況，患兒可能會出現低顱壓，出現體位性頭痛、間歇性腹痛等臨床表現。對于不同部位顱內生殖細胞瘤的手術，可能在手術過程中損傷到一些正常腦組織，進而影響其神經功能。如鞍上區的生殖細胞瘤，如果進行手術，可能會影響到群體功能。松果體區生殖細胞瘤的手術可能會影響到周圍部位如中腦等部位的腦功能。