賁門癌早期的時候不會產生疼痛，患者沒有明顯癥狀，但是隨著疾病的發展，患者會出現上腹部疼痛，即肚臍以上和劍突以下的部位存在隱隱約約的疼痛。開始是輕微的陣發性疼痛，隨著疾病的發展，疼痛時間可能會逐漸延長，同時疼痛發作的間隔時間可能會越來越短。 若發展到疾病晚期，可能疼痛由陣發性疼痛變為持續性疼痛。如果腫瘤出現在賁門后壁，侵犯到后腹膜或者腹腔，或者腹膜后淋巴結腫大或者轉移的時候，患者還會出現背部疼痛。疼痛初期可能同樣程度較輕，且往往是陣發性，但隨著疾病的發展，疼痛程度可能會加重，陣發時間可能越來越頻繁。因此發展到特別晚的時期，可能疼痛變為持續性疼痛，疼痛程度也會加重。