肺曲霉菌感染治療較困難，因為肺曲霉菌屬于真菌的一種，真菌在自然中生存力較強，對于藥物適應性較強，藥物治療效果起效較慢，所以總體而言肺曲霉菌感染治療困難。細分肺曲霉菌存在不同情況，包括侵襲性曲霉菌病，侵襲性肺曲霉菌病又有肺的其它侵襲，存在血管侵襲，治療困難程度較大，需保證足夠療程，選擇敏感藥物。 除侵襲性曲霉菌病，還有一些曲菌球，曲菌球屬于慢性曲霉菌病，藥物無法達到足夠濃度，采用內科治療辦法無法解決，一般需要外科手術治療。除上述兩種，曲霉菌病還有過敏性曲霉菌病，例如ABPA可以表現為喘息，治療可以給予抗真菌藥物，同時給予激素藥物，故過敏性曲霉菌的支氣管炎治療相對較前兩種簡單。