肺部曲霉菌感染的表現有幾種類型，侵襲性肺曲霉菌病、孤立的曲霉菌球、侵犯到氣管支氣管、變態反應。 所以不同的疾病類型可能治療手段不同，嚴重侵襲性肺曲霉菌病，要積極抗感染治療，應用抗菌霉菌藥物，括用伊曲康唑、伏立康唑等。 還要維護病人呼吸功能，因為嚴重侵襲性肺曲霉菌病，病人的呼吸功能有影響，可能有缺氧情況，要進行呼吸支持。如果是曲霉菌球，且沒有嚴重癥狀，患者可能不需要立刻積極治療。 但是有些病人可能會有癥狀，尤其可能會出現咯血，甚至致命性大咯血，可能會導致窒息，這種人要積極處理。 治療方法也包括抗菌霉菌藥物，甚至可能要止血治療，也可能通過手術切除曲霉菌感染導致的空洞，才能夠達到治療的目的。 還有類似于哮喘樣發作、變態反應性曲霉菌感染，要抗曲霉菌治療，另要使用治療哮喘的藥物進行綜合治療。所以不同的情況治療方法不同，但多數情況下要使用抗曲霉菌藥物。