支氣管鏡檢查是一項成熟的檢查手段，危險性極小。常見的嚴重并發癥包括麻醉藥過敏、心臟驟停或者是多元性的呼吸停止以及大出血導致窒息等。支氣管鏡檢查之后注意事項包括兩小時內禁食，防止誤吸；半小時之內不宜多發聲，防止出現聲音嘶啞、咽痛等一些癥狀；鼓勵患者咳嗽、咳痰、保持氣道通暢；注意咳血情況，少量咳血不用特殊處理，咳血量較多需及時通知醫生做相應的處理。其禁忌癥分為兩種，嚴重的心肺疾病患者，如心力衰竭、肺功能不全、肺動脈高壓、嚴重的心律失常患者；出血風險高患者，如不可糾正凝血功能障礙，嚴重貧血、嚴重血小板減少等患者。