肛門閉鎖術后護理非常重要。術后最常見的問題是肛門狹窄。傷口愈合會使肛門越來越小，需要進行擴肛治療，保持直腸及肛門通暢。擴肛時間需3-6個月，從第8日開始擴張，逐漸增加至12日，維持3個月，可順利度過傷口愈合的瘢痕期，避免發生肛門狹窄。患兒還應做排便訓練。肛門閉鎖的患兒沒有排便反射，需要術后不斷訓練，養成良好的排便習慣。應定時排便，每次徹底排空大便。擴肛與排便訓練均非常重要。