肛門閉鎖傳統手術的并發癥是大便失禁，雖然能解決排便問題，但是不能控制大便，給患兒與家庭造成很大影響。隨著科技發展，手術技術進一步改良，目前可在腹腔鏡下行肛門成形術，此手術是微創手術，損傷小，肛門周圍控制排便的肌肉基本不受影響，術后可正常排便。如術后擴肛與排便訓練得當，基本能夠達到正常孩子的狀態，不影響工作、生活，亦不會影響未來生育。