先天性肛門閉鎖是非常復雜的畸形，傳統意義上可以分為三種：高位、低位、中位。因為肛門閉鎖不是單純肛門閉鎖，還會有瘺，瘺位置不一樣。瘺在直腸和尿道里叫直腸尿道瘺，還有直腸前列腺瘺、直腸膀胱瘺，位置越高瘺口位置越高。先天性肛門直腸畸形，可能還表現為直腸末端肛門周圍括約肌發育不良，包括盆底肌肉發育不良，所以手術以后有可能會出現肛門失禁。手術效果不是非常好，跟手術操作有關系，還跟本身直腸周圍肌肉、盆底肌肉發育有關系，畸形越復雜、位置越高，盆底肌肉發育越差，所以手術以后出現肛門失禁的幾率相對高。