CT檢查主要觀察腦內基本情況，但分辨率不高，對于48小時內發生的腦梗塞病灶顯示不明顯，需磁共振檢查。磁共振可清晰觀察到顱內病變大小、性質和血管情況，如患者起病較急，六小時內可用磁共振檢查評估，如評估適合可進行急性腦梗塞溶栓或取栓治療，可更好的改善患者預后。不適合急性溶栓或者取栓的患者，可根據評估制定腦梗塞恢復期治療方案。磁共振檢查可獲得比CT更多的信息，更好指導臨床治療。