核酸檢測鼻子和喉嚨最重要的區別是取材位置不同，分別是在鼻部深處和咽部。而檢測方法的痛苦程度也不相同，咽拭子取樣的不適感較少，鼻拭子取樣不適感相對較多。因為鼻拭子取樣需要用長棉簽穿過受試者鼻部到達鼻后壁，相當于到咽部上方進行取樣。棉簽通過鼻腔時會對鼻腔黏膜造成摩擦或擠壓，從而會引起酸脹或疼痛感，尤其是鼻結構異常的受試者，比如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大，可能在取樣過程中通過困難，造成疼痛，必要時需要換到另一側進行檢測。雖然咽拭子和鼻拭子的檢測方法相同，但是據統計，鼻拭子的陽性率大于咽拭子陽性率。