核酸檢測臨床用的最多的是鼻拭子和咽拭子，鼻拭子是經鼻腔到鼻咽部取材，咽拭子是經口腔到咽喉部取材。不管是鼻拭子還是咽拭子，取材方法、取材簡便程度、取材的陽性率等，基本一致。部分人在做咽拭子的時候，咽喉部的刺激導致惡心、嘔吐比做鼻拭子從鼻咽部取材導致惡心、嘔吐的發生率高。而且鼻咽部取材位置相對較深，受胃腸道的反流、吞咽、咳嗽、口腔黏膜的分泌物的影響較少。因此，部分醫療機構比較偏愛做鼻拭子的檢查。但是無論醫療機構做鼻拭子或咽拭子，無論是從鼻腔取材還是從咽喉部取材，都是核酸檢測的一種方法。