子宮內膜異位癥的治療分為藥物治療和手術治療。藥物治療的一線藥物有短期口服避孕藥、假孕療法及假絕經療法之類的藥物；二線藥物為GnRHa類藥物，28天左右皮下注射一次。藥物治療不能根治，只能控制癥狀。手術治療又分為保留生育功能手術、保留卵巢功能手術和根治性手術，保留生育功能手術，主要是剝除卵巢囊腫和切除子宮腺肌瘤，術后需要輔助藥物治療；保留卵巢功能手術，是子宮全切和卵巢囊腫剝除；根治性手術，是切除全子宮和雙側附件。