主動脈夾層手術后遺癥首先是出血，手術的主要目的是通過外科的方式把血管置換掉，置換血管的過程中，需使用人工血管一針一線的把它縫上去，所有的部位都是針眼，血壓高時也會滲血；其次是體外循環損傷，因手術時間長，麻醉和體外循環風險以及并發癥概率增加。特別是A型夾層，心肌缺血、腦缺血、腹腔相應臟器缺血風險較高。目前為止各種并發癥、后遺癥風險已明顯降低。