磁共振可以做功能成像的序列，即彌散加權成像。腦梗塞在做彌散加權成像上會出現特異的高信號，此時可以通過DWI圖像上面的高信號，判斷患者是不是腦梗塞。一般情況下，腦梗塞24小時之內用CT檢查是無法發現病灶的，但是在腦梗塞的超急性期，即發病3個小時之后，磁共振可以通過彌散加權成像，把梗塞的病灶很清晰的顯示出來。所以用磁共振檢查腦梗塞具有明顯的優勢。