核磁共振是檢查鼻咽癌病變最主要的檢查手段，比CT更能發現軟組織的受侵。鼻咽部的CT檢查也很重要，能看到鼻咽部骨質侵犯的情況。鼻咽癌核磁共振表現一般分為T1項、T2項及T1增強項。在鼻咽癌中，T1項能發現鼻咽部有軟組織，鼻咽腔左右不對稱，信號比周圍的黏膜、肌肉稍微高。有時能看到鼻咽后方有淋巴結腫大，或者頸部有淋巴結腫大。有時侵犯咽旁間隙，跟頸內動脈有密切聯系。如果侵犯鼻竇如蝶竇或顱底，可能也會發現信號高。如果是T2，可能信號比肌肉更高，但是比鼻甲尤其下鼻甲和中鼻甲信號低，比腦脊液的信號低。有時做增強核磁共振，發現腫瘤比周圍組織強化得非常明顯。有的人也能很明顯看到頸部淋巴結腫大，有些人會突破鼻咽部、咽旁間隙里、鼻竇、顱底、顱內，能看到軟組織，也是強化得很明顯的表現。