一般情況下，與CT造影劑相比，磁共振造影劑的副作用較少，但是因為磁共振造影劑中存在釓、鐵、錳等成分，在體內游離出來的時候，會對人體產生毒性，可出現過敏反應。相對而言，磁共振造影劑的副作用比較少且癥狀較輕，主要癥狀有嘔吐、皮疹及惡心，部分患者可出現血清膽紅素升高、血壓升高、哮喘、暈厥等癥狀，甚至部分患者還可出現過敏性休克。