結膜炎根據病因分局部和全身治療。如感染性結膜炎則抗感染、抗病毒、抗真菌治療。如過敏性結膜炎則抗過敏治療，如抗組胺、抗肥大細胞穩定劑，甚至運用皮質類固醇類藥物進行治療。另外，應結合局部洗眼，中醫中藥的治療，如中藥熏眼等，可縮短病程，療效較好。一般急性結膜炎及時治療，且病因對癥3-4天則會得到明顯改善，甚至部分患者免疫力較好，3-4天即可治愈。