患者應該了解導致結膜炎和角膜炎的病原體，針對病因進行治療，具體分析如下：1、細菌性結膜炎或者細菌性角膜炎：首當其沖是抗生素的使用，在早期會頻繁點用抗生素眼藥水控制炎癥，若炎癥不能得到控制，還要審視使用的抗生素是否對此類細菌不敏感。患者應局部選取病原體活檢，即蘸取睫毛囊的分泌物或者刮取角膜炎病灶周圍的組織，檢測細菌感染類型，找到敏感的抗生素進行治療，一般廣譜抗生素可以控制絕大多數的細菌性結膜炎和角膜炎；2、病毒性結膜炎和病毒性角膜炎：需要應用抗病毒眼藥水，嚴重患者可能同時需要口服抗病毒藥物，幫助控制病毒繁殖，使得病毒性結膜炎、角膜炎減少復發。而病毒性的結膜炎有自愈過程，2周左右，病毒性結膜炎沒有繼發其它病毒或細菌感染，則能夠自行好轉。病毒性的角膜炎則需要配合醫生進行藥物干預治療。