卵巢囊腫手術現已為常規性的手術，風險不高，但在手術過程中要注意，對于沒有生育過的女性患者，需盡量保護好卵巢，盡量避免電凝電燙，因為電凝會造成卵巢永久性的損傷；若患者已經生育過，年齡又較高，則可以電凝電燙。若患者為45歲左右，雙側卵巢囊腫，醫生會考慮將囊腫剝除后縫合，最大程度的保護卵巢。年齡較高的女性建議提前檢查卵巢功能，判斷是否已經進入圍絕經期，醫生需提前告知患者。