甲狀腺過氧化酶，指甲狀腺微粒體抗體結合的抗原部分。較多自身免疫性甲狀腺疾病，如橋本甲狀腺炎、慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，患者甲狀腺抗過氧化酶抗體均可增高。此外，身體中抗體為保護機體，消滅外來侵害病毒、細菌，但過氧化酶于機體平衡紊亂情況下，將自身作為攻擊目標，形成自我攻擊后，表現自身抗體過高，即抗過氧化酶抗體增高，則致甲狀腺功能紊亂，發生相關甲狀腺炎疾病。