不同類型的先天性心臟病治療的手術也不同，常見的非紫紺型先心病手術治療費用約為3萬元；比較復雜的紫紺型先心病手術治療費用約為5萬元，更為復雜的心血管畸形手術治療費用更高。部分地區享有城居醫保的先心病患兒可以報銷60%。本地戶籍人口以及本人或父母在本地繳納了一定年限社保的先心病患者可以享受完全免費的先心病外科手術治療。此外部分地區政府、醫院及紅十字會還為先心病及其他心臟病患者提供諸多救助。