先天性心臟病手術風險大小主要取決于病情種類，如果是較簡單先天性心臟病，如室缺、房缺、動脈導管未閉、肺動脈瓣狹窄等，手術風險相對較小，效果通常很好。 但如果為先天性心臟病，如完全大動脈轉位、完全房室間隔缺損、主動脈弓中斷、主動脈縮窄，大多要求早期進行手術，新生兒期可能需要做手術治療，手術風險相對較大。但隨著醫學技術進步、醫生手術熟練程度不斷增強，風險會逐漸下降，大部分手術后都非常安全，效果很好，故手術風險大小關鍵看先天性心臟病種類和手術時機，以及當時是否合并其他問題。 如果手術一般狀況好，以及沒有發燒感冒、肺炎，心功能好，相對非常安全。但如果手術時反復出現肺炎，或者已經出現肺炎合并心衰表現，手術風險會更大。雖然手術風險增大，但如果不手術風險更大，權衡利弊還是要做手術，一般手術效果都非常好。