多器官功能障礙患者的預后需根據其受損傷的主要臟器決定。患者出現損害的臟器越多，其預后一般越差。若出現二個器官的衰竭，死亡率在50%左右；若出現三個的器官衰竭，死亡率可達80%左右。此類患者必須不伴有腎功能損害，才可有存活機率；若患者出現四個及以上器官衰竭，則死亡率更高。另外，多器官功能不全的患者治療期間需積極抗感染，控制創傷及原發病。