間質瘤不存在良惡性之分，醫學上將其進行危險度分級，按照NIH2008的分級標準，將胃間質瘤分為極低危、低危、中危、高危類型，中危、高危間質瘤術后需要進行輔助的靶向治療；極低危、低危組間質瘤，可以認為其屬于良性腫瘤，患者不需術后輔助靶向治療也可治愈，發生轉移、復發的幾率較低。中高危患者通過術后規范的輔助治療，大部分患者也能治愈。