靶向治療藥物相對昂貴，中華慈善總會對經濟條件有限的患者可以提供幫助，且部分省份已把間質瘤靶向治療藥物納入醫保報銷范圍。常見藥物有一線藥物伊馬替尼（商品名格列衛），二線治療藥物舒尼替尼。靶向治療藥物具有高度的指向性，與患者基因突變類型密切相關，藥物選擇取決于基因突變類型，建議患者在藥物選擇以及劑量調整方面，聽從專業醫生意見。