腦干挫傷會遺留后遺癥。因腦干是人腦的中樞，一旦發生損傷，預后較差。腦干挫傷后遺癥主要與損傷程度、部位及患者自身狀況有關。腦干輕度挫傷或非關鍵功能區挫傷，后遺癥相對較輕，自身狀況不同，挫傷后恢復程度存在個體差異；腦干挫傷程度較重可導致患者偏癱、語言功能障礙、意識障礙、智力低下，甚至僅能達到2-3歲小兒的智力，甚至出現長期臥床、持續昏迷、植物狀態。