卵巢囊腫患者可采取保守治療或手術治療。保守治療的方法是，在B超引導下進行卵巢囊腫穿刺、抽液，注入硬化劑破壞子宮囊腫囊壁；卵巢囊腫患者也可在腹腔鏡手術下進行囊腫摘除術。臨床上，上述方法均會復發。有卵巢囊腫病史的女性，再次患卵巢囊腫的幾率比正常人高。此外，40歲以上女性患卵巢囊腫易惡變，卵巢囊腫術后及40歲以上女性均應定期復查。